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Für die Studie wurde die Umsetzung der WR-RL in unterschiedlichen Ländern (Bulgarien, Kroatien, Tschechien, Ungarn, Österreich) untersucht. Rechtsvergleichend werden Einblicke in die besten und weniger guten Praktiken gewährt. Besonderes Augenmerk wurde dabei auf das Feststellungsverfahren, kumulative Effekte sowie die Unabhängigkeit und Fachexpertise von Sachverständigen gelegt.
Im Allgemeinen ergab die Studie, dass die WR-RL großes Potential aufweist und über die notwendigen Instrumente verfügt, das Ziel des guten Zustands europäischer Gewässer herzustellen. Der tatsächliche Effekt der Richtlinie und die Beteiligung der Öffentlichkeit hängen jedoch stark von der nationalen Umsetzung sowie der Handhabung durch die Behörden ab. Die nationale Umsetzung der WR-RL stellt dabei einige (technische) Herausforderungen dar, insbesondere da viele europäische Flüsse mehrere Länder durchfließen sowie gleichzeitig sozial-wirtschaftliche und biologische Funktionen erfüllen, die manchmal in Konflikt geraten.
Auf Grundlage der Studie empfiehlt J&E, einerseits kumulative Auswirkungen genauer zu untersuchen und andererseits stärker die Transparenz sowie Öffentlichkeitsbeteiligung in Verfahren nach der WR-RL zu gewährleisten.